南宋在蒙古族灭亡金朝后，失去金朝作为屏障，令南宋面临比金更强大的蒙古南下威胁。
蒙古入侵
金国灭亡后，蒙军北撤，河南空虚，理宗意图据关（潼关）、守河（黄河）、收复东京开封、西京洛阳、南京归德三京，光复中原。端平元年（1234年）五月，理宗任命赵葵为主帅，全子才为先锋，下诏出兵河南。六月十二ri，全子才收复南京。七月五ri，宋军进驻开封。但由于粮草不济，贻误战机，宋军进攻洛阳时被蒙军伏击，损失惨重。各路宋军全线败退。“端平入洛”宣告失败，宋在此役中损失惨重，大量jing兵与物资付诸流水，也为之后蒙古侵宋提供借口。“端平入洛”之后，理宗怠于政事，沉迷于声se犬马，朝政大坏。
端平二年（1235年），蒙军首次南侵，被击退。蒙军并不甘心失败，于次年九月和第三年两次南侵，其前部几乎接近长江北岸。由于宋军奋勇作战，打败蒙军，再一次挫败蒙军度江南下的企图。而后，南宋军民又在抗蒙将领曹友闻、王坚、孟珙、孟瑛、余玠、张钰等人的指挥下，多次击退蒙军，使其不得不企图绕道而行。开庆元年（1259年），蒙古汗蒙哥在征战合州时受宋军的流矢所伤因而死于军中。其弟忽必烈正于鄂州与宋军交战，听到蒙哥死讯后，又得知幼弟阿里不哥准备在和林称汗，立即准备撤军以争夺大汗之位，贾似道借机派人与忽必烈议和，以保太平。这样忽必烈直接返回北方自立为汗。
理宗两子早夭，因此最后理宗择其弟赵与芮之子赵禥为皇储。由于赵禥其母曾在怀孕期间服用过堕胎药，因此赵禥先天不足。景定元年（1260年）六月，理宗下诏立赵禥为太子。景定五年（1264年）十二月廿六ri，理宗去世，赵禥即位，是为度宗。赵禥即位后不理朝政，整ri沉湎于声se犬马之中。右丞相贾似道因此擅权。贾似道结党营私，排斥异己。终ri在葛岭别墅中与妻妾玩乐，由于他好斗蟋蟀，时人称他为“蟋蟀宰相”。
1267年，忽必烈下令攻打南宋的重镇襄阳，是为襄樊之战。宋军利用汉水把资源源不绝送入城内，才能坚守城池。守将吕文德及吕文焕坚守城池六年，贾似道派了范文虎及李庭芝援助，但两者之间不和。贾似道封锁了所有蒙古南侵消息，皇帝并不知此事，襄阳、樊城被围三年后，度宗才得知此事。咸淳七年（1271年），忽必烈在大都（今beijing市）建国号为“大元”。
在1272年，张顺，张贵两兄弟的义兵曾血战蒙元军。在1273年，樊城失守，襄阳城破，在宋军继续巷战，吕文焕最终投降，六年的襄阳保卫战结束。
灭亡
咸淳十年七月九ri（1274年8月12ri），度宗去世，终年35岁。宋度宗去世后，其长子赵隰即位。当时，南宋的统治已进入瘫痪状态。德祐元年（1275年）chun，蒙元攻克军事重镇安庆和池州，威逼建康，长江防线崩溃。朝野大震，各界都冀望贾似道能出征，结果宋军大败。贾似道被贬，在赴任途中被监押官郑虎臣所杀。德祐元年十一月廿ri，常州失守，蒙元遂屠城。不久平江也告沦陷，临安人心惶惶。1276年蒙元军攻占南宋行在临安（今杭州），俘5岁的南宋皇帝恭宗。德祐二年（1276年）二月初五，临安城里举行和平受降仪式，赵隰正式退位，但赵隰之弟赵昰和赵昺被大臣保护逃出临安。
后来，南宋残余势力陆秀夫、文天祥和张世杰等人连续拥立了两个幼小的皇帝（端宗、幼主）。蒙元对小皇帝穷追不舍，不断逃亡至南方，经过粤地。赵昰在福州即位，是为端宗，改元景炎（1276年）。但是，小朝廷内部斗争不断，景炎元年十一月，蒙军逼近福州，十一月十五ri，朝臣陈宜中、张世杰护送赵昰和赵昺乘船南逃，从此小朝廷只能海上行朝。景炎三年（1278年）chun，小朝廷抵达雷州。四月十五ri，年仅十一岁的赵昰去世。陆秀夫与众臣拥戴赵昺为帝，改元祥兴（1278年）。逃至新会至南海一带。文天祥在海丰兵败被俘，张世杰战船沉没，在蒙军猛攻下，雷州失守，小朝廷迁往崖山。蒙元将领汉人张弘范领军紧追在后，对崖山发动总攻，宋军无力战斗，全线溃败，史称崖门海战。走投无路的南宋终于在1279年3月19ri，随着赵昺随陆秀夫及赵宋皇族八百余人集体跳海自尽，至此南宋彻底灭亡。四十多年与蒙古的抗衡以失败完结。
张弘范在石壁上刻了“镇国大将军张弘范灭宋于此”十二字而还，南宋到此宣告彻底灭亡。崖门海战极为惨烈，据估计，宋军在此役中阵亡十万，海上都是尸体。身在元营的文天祥亲自目睹惨状，作诗云：“羯来南海上，人死乱如麻。腥浪拍心碎，飙风吹鬓华。”此外，据宋王台公园《九龙宋皇台遗址碑记》记载，昰昺二帝南逃期间，“有金夫人墓，相传为杨太后女，晋国公主，先溺于水，至是铸金身以葬者”，葬于今九龙城区，人称“金夫人墓”，后来由于该址兴建了圣三一堂，“金夫人墓”也随之湮没。
由于南宋存在时间达150多年之久，其同时期并存数个政权有个别先后出现了灭亡或被新政权所取代，所以并存政权有多少这个概念不是一个固定的数值，但大体来说在同一时期有西夏、吐蕃、大理、金、蒙古、西辽、高昌回鹘、喀啦汗王朝等。但这其中南宋，金