望着高大雄伟的南京城，王守仁等长出一口气，终于可以放心了！
要知道，这一路之上，大家可是提心吊胆，深怕贼人们再来一拨伏击，到时可没有“天雷”再帮忙了！虽然之前将来犯之敌一网打尽，但可不是他们的功劳啊！
如果再来一次，只怕他们必会被包了饺子，到时，可就是叫天天不应，叫地地不灵了。
故此，大家心中紧绷着一根弦，想要早日到安全之地。
而王守仁与吴起也问过明中信，是否还有火药，能否应付再一次的敌袭。令他们失望的是，明中信回答说，那火药确实不多了。虽然还有，但王守仁与吴起却也不希望能够用得上这火药。
故此，三人心中有数，火药还是省着点用吧！故此，二人催促着军士们加紧赶路。
于是大家上下齐心，一心赶路，如今终于到了这古都南京，终于能够放心了。
如今，到了南京城外，这下可是踏实了！心情一松，军士们的疲态尽显，显然，之前的走路消耗了大量体能。
见此情形，王守仁吩咐军士们就地安营扎寨，明中信则留在大营中坚守。
他则带领着吴起、监察御使以及俘虏的贼人朱员外、尊者等前去“留都”南京交接。
“留都”南京这个来历可就复杂了。
想当年，大明开国皇帝太祖皇帝定都南京，实乃是迫不得已，皆因北方群寇环侍着大明江山，他想要定都北京，抵御北方群寇，然而直到他驾崩都有心无力。
但却在他死后，这一愿望得到了实现。
想当年，太祖皇帝传位于孙子建文帝，但当时的燕王朱棣不服，借口建文帝的削蕃之举，联合代王（封藩于山西大同）、辽王（封藩于广宁州，今辽宁锦州境内）发动了“靖难之役。”
1402年，朱棣攻破南京，建文帝下落不明。同年，朱棣即皇帝位。第二年，改元永乐，改北平为北京。1421年，成祖迁都北京。
北京是朱棣的封藩地，他起兵“靖难”之前，已在其经营了二十年之久，早已建立了属于自己的一套政治、军事、经济体系。因此等他当皇帝后，北京及周边地区已不在是“生地”而是“熟地”，迁都于此乃是瓜熟蒂落之事。迁都到北京后第四年，成祖逝于北征蒙古部落的军旅之中。
严格地说，直到明英宗的正统六年（1441年），北京才成为正式首都。此前，一直被称为“行在”，即皇帝率文武百官驻扎的临时首都。而南京，则称为“留都”，即“置官留守的首都”。因为南京是太祖所定之都，它名义上的政治地位重于唐代的事实上的“东京”洛阳。但实际的地位却不如唐代的洛阳，因为洛阳和长安相距不远，唐代一些皇帝（特别是改国号为“周”的武则天）曾长期住在洛阳，洛阳成为实际上的京师。而留都南京对大明朝而言，更具象征意义。
留都南京，除皇帝不在此城外，保留了一整套的中央政府官僚体系，可谓是“朝廷的备份”。六部、都察院、五府和内廷的太监体系，一应俱全。南京朝廷的官员级别和北京同职官员相同，主要管理南直隶（南京周边14个府、州，不设行省，直接由朝廷管理）的相应事务。虽然权力不如北京的官员，但也不能说是闲职。因为南直隶所辖的地区，乃经济最发达、文化最昌明之区，天下赋税三成多出自于此。
明朝南、北“两京制”形成后，北京作为政治、军事中心，南京作为经济和文化中心，使帝国的南北达到一种微妙的平衡。
而王守仁等要到云南赈灾，必须得经过这留都南京的朝廷认可，同时，一应赈灾物事尽皆得这留都南京进行统筹，故此，王守仁也必须与这留都南京的朝廷朝廷交涉。
另外，他们遇袭的徐州府也是在这留都南京的管辖范围之内，一应贼人也得交由南京朝廷审理。
南京和京师一样，设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京师相同。北京所在府为顺天府，南京所在府为应天府，合称二京府。
其实南京六部是不能和北京六部相比拟的.虽然两京六部名称相同，都称吏户礼兵刑工，但是南京的尚书官品和职权都不和帝都北京的尚书们在同一个档次.北京六部尚书可以进入内阁，担当首辅.因此北京六部是帝国的统治中心，而南京有全套的政府机构，但南京六部基本上属于养老院和发配降官的地方，非常没有前途，属于闲职.
南京兵部尚书一般挂“参赞机务”衔，会同镇守太监和南京守备勋臣共同管理南京的全部事务，一般这三个人中以南京兵部尚书为主，算得上比较紧要。其余南京户部和都察院也有一些职能。
南京户部、南京兵部的权力最重。南京户部负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮（此四地所交税粮几乎占了明帝国的一半），同时还负责漕运、全国盐引勘合，南京户部侍郎兼任总理粮储。故此，王守仁必须到户部交接，领取赈灾粮物，这是绕不过去的。好在，弘治帝已经下旨南京部协助筹粮赈灾，想必应该不难。
南京兵部负责南京地区的守备，